Season 3 terdiri dari 13 episode (lebih pendek dari musim lainnya akibat aksi mogok kerja para penulis di Hollywood pada saat itu). Meskipun pendek, intensitas cerita di setiap episodenya sangat padat:
Tahanan misterius yang menjadi target pelarian Michael atas perintah The Company. Identitas aslinya memegang kunci penting dalam konspirasi. prison break season 3 sub indo full